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基本信息
- 項(xiàng)目名稱：
- PCR-DGGE對(duì)腸道菌群定量及定性檢測(cè)方法的建立
- 來(lái)源：
- 第十二屆“挑戰(zhàn)杯”省賽作品
- 小類：
- 生命科學(xué)
- 簡(jiǎn)介：
- 為比較SPF級(jí)實(shí)驗(yàn)小鼠糞便總DNA提取方法對(duì)腸道菌群多樣性PCR-DGGE檢測(cè)的影響，采用3種不同的DNA提取方法來(lái)提取小鼠糞便中細(xì)菌的總DNA，為腸道菌群定量及定性檢測(cè)方法的建立為腸道菌群組成的研究提供了可行的條件。
- 詳細(xì)介紹：
- 采用基于SDS的裂解法、改進(jìn)的化學(xué)裂解法、Andybio 公司試劑盒提取法3種DNA提取方法提取小鼠糞便中細(xì)菌的總DNA，對(duì)比三種提取方法的細(xì)菌總DNA得率、16S rDNA基因V3區(qū)的PCR得率和變性梯度凝膠電泳（DGGE）圖譜來(lái)比較SPF級(jí)實(shí)驗(yàn)小鼠糞便總DNA提取方法對(duì)腸道菌群多樣性PCR-DGGE檢測(cè)的影響，結(jié)果發(fā)現(xiàn)基于SDS的裂解法和國(guó)產(chǎn)試劑盒兩種方法提取細(xì)菌總DNA均未得到理想結(jié)果，而改進(jìn)的化學(xué)裂解法對(duì)糞便總DNA的提取效果較好，用瓊脂糖電泳時(shí)有明顯的較亮條帶，且PCR結(jié)果和DGGE結(jié)果都較理想，能夠檢測(cè)到腸道中不同種類的細(xì)菌。PCR-DGGE對(duì)腸道菌群定量及定性檢測(cè)方法的建立為腸道菌群組成的研究提供了可行的條件。
作品專業(yè)信息
撰寫目的和基本思路
- 目的：比較SPF級(jí)實(shí)驗(yàn)小鼠糞便總DNA提取方法對(duì)腸道菌群多樣性PCR-DGGE檢測(cè)的影響。 基本思路：采用基于SDS的裂解法、改進(jìn)的化學(xué)裂解法、Andybio 公司試劑盒提取法3種DNA提取方法提取小鼠糞便中細(xì)菌的總DNA，對(duì)比三種提取方法的細(xì)菌總DNA得率、16S rDNA基因V3區(qū)的PCR得率和變性梯度凝膠電泳（DGGE）圖譜。為腸道菌群組成的研究提供了可行的條件。
科學(xué)性、先進(jìn)性及獨(dú)特之處
- 以PCR-DGGE的方法代替?zhèn)鹘y(tǒng)的細(xì)菌培養(yǎng)法來(lái)測(cè)定腸道菌群的變化，因大部分腸道微生物很難利用傳統(tǒng)的選擇培養(yǎng)法培養(yǎng)且對(duì)培養(yǎng)設(shè)備要求高，而PCR-DGGE更能夠準(zhǔn)確快速地反映整個(gè)腸道菌群的變化。由于大部分實(shí)驗(yàn)采用的商品試劑盒提取DNA的方法價(jià)格昂貴，故本課題采用的改進(jìn)的傳統(tǒng)DNA提取法，使DNA的提取變得實(shí)驗(yàn)室化，使PCR-DGGE方法可以在實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行大規(guī)模應(yīng)用。
應(yīng)用價(jià)值和現(xiàn)實(shí)意義
- 本課題中的改進(jìn)的化學(xué)裂解法提取DNA有較大的利用價(jià)值，可以對(duì)動(dòng)物糞便中細(xì)菌基因組DNA進(jìn)行有效的提取，且該方法成本低廉，用實(shí)驗(yàn)窒常規(guī)試劑即可完成糞便DNA提取，為研究腸道菌群的數(shù)量及種類提供了基礎(chǔ)，較傳統(tǒng)的選擇培養(yǎng)法快速、簡(jiǎn)便。為PCR-DGGE研究腸道菌群的數(shù)量和種類方法提供了可行的前提。
學(xué)術(shù)論文摘要
- 采用基于SDS的裂解法、改進(jìn)的化學(xué)裂解法、Andybio 公司試劑盒提取法3種DNA提取方法提取小鼠糞便中細(xì)菌的總DNA，對(duì)比三種提取方法的細(xì)菌總DNA得率、16S rDNA基因V3區(qū)的PCR得率和變性梯度凝膠電泳（DGGE）圖譜。結(jié)果 基于SDS的裂解法和國(guó)產(chǎn)試劑盒兩種方法提取細(xì)菌總DNA均未得到理想結(jié)果，而改進(jìn)的化學(xué)裂解法糞便總DNA的提取效果較好，用瓊脂糖電泳時(shí)有明顯的較亮條帶，且PCR結(jié)果和DGGE結(jié)果都較理想，能夠檢測(cè)到腸道中不同種類的細(xì)菌。PCR-DGGE對(duì)腸道菌群定量及定性檢測(cè)方法的建立為腸道菌群組成的研究提供了可行的條件。
獲獎(jiǎng)情況
- 在大連醫(yī)科大學(xué)第五屆“大學(xué)生課外科技作品大賽”中獲得三等獎(jiǎng)
鑒定結(jié)果
- 基于SDS的裂解法和國(guó)產(chǎn)試劑盒兩種方法均未得到理想結(jié)果，改進(jìn)的化學(xué)裂解法糞便總DNA的提取效果較好，能夠檢測(cè)到腸道中不同種類的細(xì)菌。
參考文獻(xiàn)
- 維普中文科技期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù)、中國(guó)優(yōu)秀博碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù)、中國(guó)期刊網(wǎng)（中國(guó)知識(shí)資源總庫(kù)）、《中國(guó)微生態(tài)學(xué)雜志》、《基因工程技術(shù)實(shí)驗(yàn)指導(dǎo)》
同類課題研究水平概述
- 在國(guó)內(nèi)外都進(jìn)行著同類課題的研究，隨著實(shí)驗(yàn)技術(shù)的發(fā)展利用傳統(tǒng)的細(xì)菌培養(yǎng)法來(lái)檢測(cè)腸道菌群的變化已有點(diǎn)落伍，而現(xiàn)在市場(chǎng)上銷售的高端商品試劑盒雖然效果好但價(jià)格太昂貴，不便于大規(guī)模使用，現(xiàn)在國(guó)內(nèi)好多科研人員以期用實(shí)驗(yàn)室常規(guī)試劑提取DNA法來(lái)取代試劑盒法，建立起完善的DNA提取、PCR-DGGE這套腸道菌群檢測(cè)方法。而現(xiàn)在的實(shí)驗(yàn)室常規(guī)試劑提取DNA的方法還未能完善，可重復(fù)性較差、提取的DNA粗體物抑制PCR擴(kuò)增等問(wèn)題常常出現(xiàn)。現(xiàn)在好多課題圍繞怎樣有效地提取DNA并成功進(jìn)行PCR擴(kuò)增而展開，以期用常規(guī)試劑提取的DNA來(lái)使PCR-DGGE這套方法得以完善。
