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我校是國(guó)家教育部“人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實(shí)驗(yàn)區(qū)”和“特色專業(yè)點(diǎn)”建設(shè)高校。有中醫(yī)學(xué)、中西醫(yī)結(jié)合醫(yī)學(xué)、中藥學(xué)3個(gè)一級(jí)學(xué)科博士點(diǎn)，15個(gè)二級(jí)學(xué)科博士點(diǎn)，23個(gè)碩士點(diǎn)，3個(gè)博士后流動(dòng)站，博士學(xué)位授予專業(yè)覆蓋全部中醫(yī)藥學(xué)科。在2010年的全國(guó)博士后流動(dòng)站評(píng)估中，中藥學(xué)科被評(píng)為全國(guó)唯一的中藥一級(jí)學(xué)科“優(yōu)秀”流動(dòng)站。有29個(gè)本、專科專業(yè)（方向），除中醫(yī)學(xué)、中藥學(xué)、中西醫(yī)臨床本科專業(yè)外，還設(shè)有護(hù)理學(xué)、營(yíng)養(yǎng)學(xué)、康復(fù)治療學(xué)、藥學(xué)等專業(yè)。學(xué)校還有12個(gè)繼續(xù)教育的本、?？茖I(yè)。 學(xué)校已與14個(gè)國(guó)家和地區(qū)建立了科研、教學(xué)、醫(yī)療等合作關(guān)系。學(xué)校設(shè)有兩個(gè)教育部備案的中外合作辦學(xué)項(xiàng)目，分別是中英合作藥學(xué)、中英合作護(hù)理學(xué)項(xiàng)目。

現(xiàn)有國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科4個(gè)：中醫(yī)外科、中藥學(xué)、中醫(yī)內(nèi)科及中醫(yī)骨傷科學(xué)，另有國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科（培育）2個(gè)：中醫(yī)醫(yī)史文獻(xiàn)學(xué)、針灸推拿學(xué)；國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科數(shù)居全國(guó)中醫(yī)院校第二、上海地方高校之首。有38個(gè)中管局重點(diǎn)學(xué)科，6個(gè)上海市重點(diǎn)學(xué)科（上海高校一流學(xué)科），5個(gè)上海市教委重點(diǎn)學(xué)科。有1個(gè)教育部工程研究中心， 3個(gè)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，2個(gè)上海市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，7個(gè)中管局重點(diǎn)研究室，2個(gè)上海市高校E-研究院。在2009年的國(guó)家一級(jí)學(xué)科評(píng)估中，中藥學(xué)一級(jí)學(xué)科排名全國(guó)第一，中醫(yī)學(xué)一級(jí)學(xué)科排名全國(guó)第二；大學(xué)擁有國(guó)家教育部重點(diǎn)學(xué)科和國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科數(shù)居全國(guó)中醫(yī)院校第二，上海地方高校之首。

上海中醫(yī)藥大學(xué)堅(jiān)持“不重其全，重其優(yōu)；不重其大，重其特；不重其名，重其實(shí)”的辦學(xué)理念，堅(jiān)持“研究教學(xué)型、特色型、外向型”的辦學(xué)定位，是一所專業(yè)特色鮮明、全國(guó)一流、世界聞名的中醫(yī)藥高等學(xué)府。