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基本信息
- 項目名稱：
- 甘薯EST-SSR標(biāo)記的開發(fā)
- 小類：
- 生命科學(xué)
- 簡介：
- 本研究對甘薯EST序列的SSR引物進(jìn)行了開發(fā)，該研究獲得的甘薯EST-SSR標(biāo)記引物可以用于甘薯材料的親緣關(guān)系鑒定及甘薯基因的定位與克隆。
- 詳細(xì)介紹：
- 本研究利用現(xiàn)有的甘薯EST序列資源，搜索二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸重復(fù)次數(shù)分別從1到37次，共發(fā)掘出了1120個SSR。在甘薯EST-SSR中，二、三核苷酸重復(fù)是主要的重復(fù)類型，二核苷酸有595條占總數(shù)的53.12%，三核苷酸有491條占總數(shù)的43.83%，其他核苷酸重復(fù)所占比例比較少，總計不足5%。共設(shè)計出了457對SSR引物，隨機選出50對引物作進(jìn)一步分析，在10個甘薯材料中有23對引物顯示擴(kuò)增，引物可用率為46%；有11對引物顯示出多態(tài)性，占可擴(kuò)增引物的52.1%。本研究對甘薯EST序列的SSR引物進(jìn)行了開發(fā)，該研究獲得的甘薯EST-SSR標(biāo)記引物可以用于甘薯材料的親緣關(guān)系鑒定及甘薯基因的定位與克隆。
作品專業(yè)信息
撰寫目的和基本思路
- EST-SSR標(biāo)記目前己經(jīng)被廣泛地應(yīng)用與遺傳多樣性分析，遺傳作圖、不同遺傳圖譜的合并，以及比較作圖等。在大麥、黑麥、甘蔗、小麥、水稻、高羊茅、稱猴桃、葡萄、棉花、甘蔗、黑麥草、云杉、杏樹等多種植物中都建立了EST-SSR標(biāo)記，目前甘薯尚未建立EST-SSR標(biāo)記。
科學(xué)性、先進(jìn)性及獨特之處
- 本研究所采用的甘薯EST序列為植物基因組序列網(wǎng)站最新更新的序列，而且，目前未見關(guān)于甘薯EST-SSR序列分析及標(biāo)記開發(fā)的報道，所選用的軟件是被廣泛應(yīng)用，并且是最新版本。
應(yīng)用價值和現(xiàn)實意義
- SSR標(biāo)記在自然群體中揭示的變異頻率最高，因而這類標(biāo)記在基因組中具有最高的位點雜合度；并且具有多態(tài)性高，共顯性遺傳，重復(fù)性好等特點，是甘薯遺傳多樣性研究的有效標(biāo)記。因傳統(tǒng)方法甘薯基因組開發(fā)SSR標(biāo)記難度大，開發(fā)成本高，費時費力，引物數(shù)量偏少，軟件可用來直接從EST中快捷的篩選出候選標(biāo)記，這樣開發(fā)的費用就很低，效率高，篩選引物成功率高。
學(xué)術(shù)論文摘要
- 本研究利用現(xiàn)有的甘薯EST序列資源，搜索二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸重復(fù)次數(shù)分別從1到37次，共發(fā)掘出了1120個SSR。在甘薯EST-SSR中，二、三核苷酸重復(fù)是主要的重復(fù)類型，二核苷酸有595條占總數(shù)的53.12%，三核苷酸有491條占總數(shù)的43.83%，其他核苷酸重復(fù)所占比例比較少，總計不足5%。共設(shè)計出了457對SSR引物，隨機選出50對引物作進(jìn)一步分析，在10個甘薯材料中有23對引物顯示擴(kuò)增，引物可用率為46%；有11對引物顯示出多態(tài)性，占可擴(kuò)增引物的52.1%。本研究對甘薯EST序列的SSR引物進(jìn)行了開發(fā)，該研究獲得的甘薯EST-SSR標(biāo)記引物可以用于甘薯材料的親緣關(guān)系鑒定及甘薯基因的定位與克隆。
獲獎情況
- 第十一屆“挑戰(zhàn)杯”廣東大學(xué)生課外學(xué)術(shù)科技作品競賽三等獎。
鑒定結(jié)果
- 無。
參考文獻(xiàn)
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同類課題研究水平概述
- 無。
